L' Apostolato della Preghiera in quanto istituzione ecclesiale è retta da suoi Statuti approvati da tutta la Chiesa, e in quanto associazione ha una sua struttura. Al vertice vi è un Direttore Generale che è il Preposito Generale della Compagnia di Gesù (Statuti, art. 33-b), il quale, normalmente, nomina un suo delegato. In ogni Paese vi è un Segretario nazionale (comunemente chiamato Direttore nazionale), nominato dal Direttore Generale. Egli svolge la funzione di promozione e sostegno dell'unità di azione in vista dell'efficacia apostolica dell'Opera.
È al Segretario nazionale, coadiuvato in Italia da un Consiglio nazionale e da alcuni Promotori regionali, che spetta il compito di offrire a tutte le componenti dell' Apostolato della Preghiera la stampa necessaria per assimilare la spiritualità e viverne l'attualità.
In ogni diocesi, l' Apostolato della Preghiera dipende dal Vescovo, il quale nomina il Direttore diocesano. Questi, d'intesa con il Direttore nazionale, costituisce i Centri locali nominandone il direttore - un sacerdote, diocesano o religioso, ma anche una religiosa, o un laico, uomo o donna.